دوره تخصصی بیوانفورماتیک

سرفصل های دوره تخصصی بیوانفورماتیک

• مروری بر زیست مولکولی و آمار
• مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک (آشنایی، کاربردها و اهداف، محدودیت‌ها)
• انواع پایگاه داده‌ها
• معرفی کتاب‌ها و سایت‌های مفید جهت تسلط بر مباحث بیوانفورماتیک
• درک کلی مفاهیم انطباق دوتایی و چندتایی (انطباق سرتاسری، انطباق محلی، الگوریتم‌های انطباق، سرویس‌های تحت وب برای هر کدام از الگوریتم‌ها)
• پروفایل‌ها و مدل‌های مارکف مخفی، آشنایی با جدول امتیازدهی
• پایگاه داده‌های زیستی آشنایی با پایگاه داده‌های مختلف از جمله RefSeq))
• آشنایی با پلتفرم‌های Entrez, Genebank, USCS, HGNC
• آشنایی کامل با NCBI
• ثبت ژن در NCBI
• آموزش شیوه جستجو در پایگاه داده مقالات pubmed
• جستجوی تشابه در پایگاه داده ،ملزومات جستجو پایگاه داده، تعریف انواع BLAST و آموزش عملی، FASTA))
• تحلیل نتایج PHI-BLAST, PSI-BLAST و DELTA-BLAST
• همترازی چندگانه
• آموزش نحوه بلاست توالی‌ها در پایگاه داده
• اصول آماده‌سازی، ویرایش و هم‌ردیف ‌سازی توالی با نرم افزار BioEdit
• آنالیز فیلوژنتیک مولکولی (اصول فیلوژتیک، فیلوژنی ژنی و گونه‌ای، انواع نمایش درخت‌ها)
• آشنایی با فرضیه ساعت مولکولی
• ویژگی‌های درخت تکاملی
• برنامه‌ها و روش‌های ساخت درخت فیلوژنتیک برای مارکرهای مختلف از جمله ITS. MatK و ISSR روش‌های مبتنی بر فاصله، UPGMA، اتصال همسایه یا NJ، حداکثر صرفه جویی MP، روش ‌های جستجوی
• درخت و کار با نرم افزار PAUP، ارزیابی درخت‌های فیلوژنتیکی
• انواع پایگاه‌داده‌های پروتئینی پایگاه داده UniProt و EMBL-EBI
• آشنایی با ابزارهای مختلف از جمله: HMMER، InterPro
• بررسی تعاملات پروتئین-پروتئین در پایگاه‌داده‌های مربوطه مثل String
• بررسی خانواده و دمین‌های پروتئینی در پایگاه داده PROSITE
• پیش‌گویی ساختمان دوم و سوم پروتئین‌ها به کمک ابزارهای خاص
• پایگاه داده‌های مرتبط با بیان ژن و آنزیم‌ها (Expressio Atlas)
• آشنایی کامل با پایگاه داده‌ی ساختار پروتئین‌ها (PDB)
• مشاهده ژنوم در UCSC Genome Browser
• پایگاه داده‌های Genome Browser، Ensemble
• آشنایی کامل با PCR
• آموزش تخصصی اصول طراحی، شبیه سازی و ارزیابی انواع پرایمر
• معرفی نرم افزارهای طراحی پرایمر
• طراحی پرایمر با مهم‌ترین نرم‌افزارهای طراحی به نام generunner و oligo7
• انجام ۰ تا ۱۰۰ طراحی پرایمر یک ژن بصورت عملی
• طراحی پرایمر برای بررسی بیان ژن (real-time PRC) با کمک دو نرم‌افزار Perl Primerو generunner
• طراحی پرایمر برای کلونینگ و تولید پروتئین‌های نوترکیب با کمک نرم‌افزار Generunr
• روش‌های جستجوی درخت و کار با نرم افزار PAUP.
• پایگاه‌ داده‌های کلینیکال (OMIM,Clinvar )
• بررسی پایگاه داده‌های مربوط به جهش‌ها
• Polymorphism and mutation databases (SNP)
• بیوانفورماتیک سرطان
• پایگاه داده‌های mRNAها و incRNA
• شبیه‌سازی کلونینگ معرفی بهترین نرم ‌افزار جهت کلونینگ، نرم ‌افزار اسنپ ژن (SnapGene) و نشانه گذاری توالی
• شبیه سازی انواعی از روش های کلونینگ روش گیت وی و روش Gibson
• آنالیز توالی‌ها با اسنپ ژن آنالیز توالی های حاصل از Sequencing پیدا کردن نویزها و جهش ها و در نهایت ذخیره کردن اطلاعات
• پایگاه داده‌های آنالیز شبکه مسیر (KEGG, PANTHER)
• آموزش کامل نرم افزار مدیریت اطلاعات و رفرنس‌دهی Endnote
• داکینگ و شبیه‌سازی فرایند برهمکنش لیگاند و رسپتور با نرم افزار Autodock
• بهینه‌سازی واکنش با نرم‌افزارهای مختلف مثل viewerLite
• یادگیری نرم‌افزارهای اصلی طراحی ساختار شیمیایی مانند chemoffice و Gaussia
• ران کردن صحیح ماشین‌های مجازی
• نحوه نصب لینوکس
• کاربردهای سیستم عامل لینوکس
• این دوره به صورت آنلاین می باشد و در ۱۲ جلسه ۲.۵ ساعته برگزار می شود.

سرفصل های دوره تخصصی بیوانفورماتیک

توضیحات دوره تخصصی بیوانفورماتیک (فایل صوتی)